博士研究生的选题与开题是培养过程中非常重要的一环，是博士生创造性地从事科学研究工作的开端。博士生的选题应为学科前沿性研究，具有创新性，对科技发展、国民经济等具有较大的理论意义或实用价值，研究方向明确，其选题文献综述应予以详实的阐述，指导教师和指导小组应对其开题严格把关。
(一)论文选题
1、博士论文的选题在理论上应居于学科前沿，能够在科学或专门技术上做出创造性成果，要突出学位论文的创新性，防止博士生培养完全限于低水平开发项目的倾向;
2、选题一般在第二学期就应该将题目定下来，以便有足够的时间作好文献资料和实验的准备工作;
3、选题要考虑到科学意义和实用价值，应是国家急需解决的工程实际问题或重要科研项目;
4、所选课题应是在导师指导下博士生能够独立开展研究工作的课题;
5、博士生本人对所选课题及应用实现要有兴趣和热情，以利于调动学生的主观能动性，从而发挥其积极性和创造性;
6、鼓励博士生自己拟出论文题目或与导师共同拟题，共同商榷，但都需结合学科的研究方向充分调研;
7、选题一般是导师及指导小组有力量指导的课题，但更鼓励博士生选择具有一定风险性的学科前沿领域课题或对国家经济建设、科技进步和社会发展具有重要意义的课题。
(二)论文开题：
1、博士生在选题阅读文献资料、调研的基础上写出开题报告，并在所在学科、专业范围内作报告及论证。由导师主持并邀请本学科和其它学科的专家参加评议，专家人数一般不少五人;
2、开题报告应包括以下内容：
(1)课题的研究意义，对国内外研究现状、发展趋势等的分析;
(2)课题的研究目标、研究内容、拟解决的关键问题;
(3)课题拟采取的研究的方法和手段、技术路线、实验方案及可行性分析等;
(4)课题的创新之处;
(5)课题的研究计划及预期进展、预期成果;
(6)与课题有关的研究工作已取得的成果和已具备的实验条件等;
(7)论文工作量估计与研究经费的预算和落实情况。
3、开题报告后，经参加人员认真讨论，作出决议。通过后，由导师写出综合意见并签名，经教研室、学位分委会签署意见后，送所在学院归档备查。
4、开题报告通过后，方可进入论文工作阶段。如未获通过者，在2~3个月内重作开题报告，仍未通过者，则按有关规定处理。
5、开题报告通过后，原则上不得改题。如确有特殊原因需改题者，须由博士生写出书面报告，指导教师签署意见，经学院负责人审批后，报研究生院备案，并应在2~3个月内按同样程序重作开题报告。
(三)论文撰写
博士学位论文必须在导师或指导小组成员指导下由博士生独立完成。
博士学位论文质量的高低是综合衡量博士生培养质量和学术水平的重要标志。博士学位论文应当表明作者具有独立从事科学研究工作的能力，并重视坚持理论联系实际，在科学或专门技术上做出创造性的成果，同时还应反映作者在本门学科上掌握坚实宽广的基础理论和系统深入的专门知识。博士学位论文应是系统的、完整的学术论文，达到国内或国外重要学术刊物可以接受和发表的水平。
是否在科学或专门技术上做出创造性的成果，是衡量博士学位论文水平最基本的标准之一。凡属下列情况之一者，可认为属于创造性的成果：
1、发现有价值的新现象、新规律，提出了新的理论观点或在较重大的理论上有新的发展;
2、在计算、设计实验技术上有重大创造;
3、提出具有一定科学水平的新工艺、新方法，能获得较大的经济效益或社会效益;
4、创造性地运用现有知识，解决前人未曾解决过的科学技术、工程技术或社会科学方面的关键问题。
为保证博士学位论文质量，博士生在校学习期间至少在国际正式期刊或国内核心期刊上发表三篇与学位论文有关的文章(论文发表具体要求见《南京理工大学博士学位授予细则》)。
学位论文应按要求装订成册，如实验数据较多或程序较长，也可将此数据或程序以附件形式单独装订成册。