企业宗教
马云作为公司的最高领导人，是公司员工的精神偶像。阿里18个创始人之一的金建杭曾说，企业文化是阿里巴巴最独特的地方，这也是维系马云领导力的根源所在。
马云说，阿里不能做“帝国”，我们要做的是“生态系统”。任何一个“帝国”都有倒台的时候，但“生态系统”是生生不息的。但事实是，在阿里巴巴集团，马云建立了一个业务上的生态系统，和一个管理及文化上的帝国。
阿里巴巴集团层级鲜明，这种管理方法和价值体系势必贯彻到马云所部署的各个公司。
在管理架构上，阿里形成了一个以马云为核心的权力金字塔。马云之下是以陆兆禧、彭蕾、曾鸣等为首的管理执行委员会，陆兆禧管辖下的各个事业部负责人吴泳铭、姜鹏等组成第三管理梯队，再往下是阿里几十个副总裁，副总裁之下是中层和员工。
据一位曾去阿里巴巴参观交流的百度管理人员称，马云管理能力和控制能力都很强。他说，今年阿里有裁员要求，马云的变通方法是：比如有6个人要裁掉2个，他会裁掉3个，给剩下的3个涨工资，提高在职人员的积极性。
马云自己在接受一家媒体采访时亦表示，如果公司人数突然增加2万人，阿里巴巴还可以不错，但百度和腾讯都会关门了。他以此表示自己管理控制能力要优于马化腾和李彦宏。他还表示，今年阿里分成25个事业部，仅用了两个礼拜就变好了。
在文化上，马云提出了“六脉神剑”——客户、拥抱变化、团队合作、激情、诚信、敬业。在每季度对员工的绩效考核中，其中50%考核的是价值观，员工的加薪和升迁直接取决于此。针对高管，阿里巴巴还设有组织部，定期进行高管讲座。
在这个帝国中，还有“警察”的存在。阿里巴巴设立了首席风险官，负责维持阿里的秩序、监管腐败、执行规则。
“马云很少参加公司业务管理，而是通过文化和价值观来控制这家公司，他设立了一个‘企业宗教’，而马云就是我们的神。”一位阿里员工说。
有一个例子可以说明阿里的文化。阿里员工享有的福利之一是可以免费吃公司食堂的晚餐，但管理层发现有员工提早下班去吃晚餐，于是决定将餐券生效时间定为晚6点。
9月1日，阿里巴巴人力部门在阿里内网发帖将此事通知员工，有员工在跟帖中发牢骚。
这看起来是一件小事，但跟帖激起了马云的怒火。他发帖回应：“阿里巴巴如此的下劣?!真委屈您了!也许您真该去选一个不那么恶劣和凶残的公司!我们的恶劣肯定是改不了啦!”
随后，阿里高管们纷纷表态。彭蕾是第一个回应的高管，她火药味儿十足地问：“请问某几位煽的什么风，点的什么火?”总裁姜鹏(三丰)说，我们需要去观察自己的边界。副总裁汪海则说，阿里处在极大的危机中，让我们找回曾经守护的东西。
马云在卸任CEO一职前曾称，过去一年中，阿里内部研究了英国宪章运动、法国大革命，他还带着团队在外地开了三天会，专门学习讨论美国《独立宣言》。据说，马云还要在内部拟定出一个类似《独立宣言》的纲领，目前仍在起草中。
与设立《华为基本法》的任正非一样，马云也想将阿里巴巴过去的成功经验和自身的价值观固化下来，变成一种人人遵循的章程——那时，马云对公司的把控或许会更顺畅。
与“官”共舞
2013年8月的一天，马云的照片再次登上《杭州日报》头版头条，旁边附载着马云关于电子商务的一个讲话。这篇报道的下方，才是杭州大暴雨报道和浙江省政府一位高官的发言。
马云及其阿里巴巴集团在杭州乃至浙江省享有很高的声望。杭州市一名企业家告诉《财经》记者，外省官员或是商人来到杭州，他们最希望的就是让当地政府引荐一下马云。一位浙江省政府党组成员在6月还公开将义乌市和马云，比作浙江省的左手和右手。
2011年支付宝事件之后，马云失去了西方资本的信任，之后淘宝发生欺诈和造假丑闻，马云的声誉出现危机。同年，他表示，自己作为企业家，在处理和政府以及外界关系方面比较糟糕。
在此之后，马云试图和政府保持紧密联系，2012年在对雅虎的回购中，他第一次引进了国有资本——中投、国开行。
“只要政府需要，支付宝随时可以交给国家。”2012年底，马云曾说。
但是，与政府的亲密关系并不能让马云在金融这条路上一帆风顺，马云对金融所体现出的“野心”，在外界看来或已成为其商业帝国的隐患之一。
此前，余额宝上线一周，即被证监会暂停。证监会称，余额宝违反了证券投资基金销售管理办法和结算资金管理暂行规定的部分规定，而专业上，信用风险也是亟待解决的另一大难题。
在历史上，马云曾多次表示阿里巴巴不会筹建银行，但是其不断推出的产品似乎总在挑战银行的底线。
2013年3月，据媒体报道，阿里巴巴即将推出信用卡，且不止在阿里巴巴旗下的电子商务平台天猫和淘宝使用。阿里巴巴很可能会设立一家信用卡公司，这将是中国第一家向信用卡领域发展的第三方支付机构。
信用卡的推出和阿里巴巴已经公布的“信用支付”业务类似。阿里巴巴副总裁胡晓明称，目前支付宝注册账户数为8亿户，但经过地区限制、实名认证等条件的筛选后，预计第一批信用支付能够服务的人群在8000万左右。
一位银行工作人员称，工行作为中国信用卡发行规模最大的银行，十几年的努力，也只发出去7000多万张信用卡，而阿里巴巴“信用支付”一开始就有8000万用户，这无疑对传统银行的利益是一种触犯。
全国人大财经委办公室副主任王连洲告诉《财经》，目前互联网金融是一个灰色地带，现行监管体系无法完全覆盖，但这个状况并不会持续太久。
改造金融业的难度显然远远大于改造零售业。零售行业的政府管控相对宽松，而金融行业是政府最封闭的行业之一，大型银行、基金，政府监管部门，没有一个不是强势而庞大，各级政府对金融监管也极其慎重，破冰难之又难。
马云不断碰触底线，亦多次向政府示好。从雅虎债权开始，马云与国有资本越走越近，这也给其商业帝国带来了新的变数——若处理不好与国资股东的关系，很容易陷入困境。
外资曾让马云吃尽苦头，但如果有一天坐在董事会谈判桌前的是一个政府代表，马云会变得更舒服吗?