目前公立医院工资结构是由岗位工资、薪级工资、绩效工资、津补贴、奖金等几部分构成。岗位工资目前全部按个人所任职务对应最低档执行;薪级工资是根据职工个人任职年限和工作年限确定，绩效工资是按职工工改前原工资的一定比例测算，实行总量控制，单位自主分配;津贴补贴是按国家有关规定标准执行;奖金是指一年奖一个月的工资。从工资结构中可以看出，目前虽然实行的工资制度，仍是一种基于静态个人论资排辈的分配制度，忽视了实际能力的大小与现实贡献的多少，不能充分体现多劳多得的分配原则，因此难以有效建立和发挥绩效工资分配制度的激励机制，造成新的大锅饭和平均主义。这种弊端主要表现在以下几个方面：
1、重资历和工作年限，对现实贡献考虑过少
由于目前的工资体系制定，主要依据个人的学历、职称、任职时间、工龄等基本条件，相同职称和年限的职工，不论其工作岗位的重要性，其承担的责任和劳动强度的差别，更不论其实际工作的态度、效率与综合效益的不同，彼此之间收入差距仅在奖金方面稍有体现，形成了新形势下的平均主义，也不能有效的发挥正面激励作用。
2、 医院工资分配的不公平性
现行的工资分配制度是按照学历、工龄、职称等条件确定，不能与员工的实际技能和经验有效的关联起来，造成工资不能以实际业绩为依据分配，也不能充分考虑技术风险、劳动强度等因素，不能完全体现“多劳多得”“优劳优得的分配原则。
3、对高尖端人才工资分配困难?
公立医院职工工资水平大致相当，没有合理的拉开差距，对于高端人才工资待遇缺乏吸引力，有的虽说适当拉开的差距，但与外部的待遇差距仍然较大，这些人才为了实现个人价值，到处走穴创收，既影响了本单位的工作，长此以往，也不利于稳定和留住人才。
公立医院绩效工资制度存在的问题
1、薪酬工资体系设计滞后
现有公立医院的人事体制是国家定编定员，实际工作中，医院用人自主权受到许多方面限制，医院为了发展除了近年聘用的合同制员工工资灵活以外，其定编的正式员工工资结构是由国家统一规定的岗位工资、薪级工资、绩效工资、津补贴、奖金等几部分构成。政府工资体系设计主要充分考虑的是公平性原则，重职称学历，效率原则兼顾不够，并且薪酬级差过小，造成医务工作薪酬不具备市场公平性，特别是医疗服务价格体系不合理，医务工作者的合法收入不能体现劳务价值，由于医疗纠纷风险的加大，或者追求利益的动机，很容易出现乱检查、多开药等道德风险现象。
2、工资分配不能充分体现按劳分配的原则
目前虽然实行的工资制度，绩效工资部分单位可以自主分配，但在实际工作中，由于医院工资体系是国家统一制定，医院只能被动执行，工资体系里体现多劳多得的效益工资的比例，所占比例不高，内部分配不能合理拉开距离。效益好的医院基本上作为固定基础工资发放，另外再提取绩效奖金，效益不好的医院标准工资发放一部分，一部分按照绩效考核计算奖金。由于用于激励分配总额的有限性，不能充分体现按劳分配、多劳多得、优劳优得的原则，不能达到合理拉开差距、打破大锅饭、激励员工的目的，造成了新的大锅饭、平均主义。
3、 绩效工资分配不能充分考虑实际工作能力
由于档案工资不论其工作岗位的重要性，其承担的责任和劳动强度的差别，实际技能和经验，更不论其实际工作的态度、效率与综合效益的不同，彼此之间收入差距仅在奖金方面稍有体现，不能以实际工作能力为依据分配，也不能充分考虑技术风险、劳动强度等因素，工资分配不能与实际从事工作的岗位工作能力、实际贡献直接关联，因此难以有效建立和发挥绩效工资分配制度的激励机制。