1. 企业薪酬结构存在问题，而不仅仅是水平问题
中国企业薪酬水平很低，不仅仅体现在绝对数低，主要是薪酬水平之间的差距很小。美国薪酬设计专家爱德华·海曾提出“职务的现状构成”概念，根据职务责任因素与智能和解决问题的能力两个因素之间影响力的对比与分配，将企业中的职务分为三种类型：“上山”型，如公司总裁、销售部经理等;“平路”型，如会计、办公室职员等;“下山”型，如市场分析、科研开发工程师等，并据此同方向确定薪资水平。而中国企业的薪酬实践，与上述职务类型走向正好相反，是“低级职位领先”型，“中级职位匹配”型，而“高级职位落后”型。其实，为低端职务支付高薪根本没有战略意义，原因在于：(1)低端职务人员众多，总成本相当大;(2)市场上此类人员的供给大于需求;(3)这类员工的替代成本很低;(4)这类员工对企业的贡献有限。而对于企业来说，市场上供不应求、替代成本很高而贡献率相对较大却难以获取的高端职务人员，其薪酬却相对职务特性较低。著名经济学家周其仁曾指出，中国拥有世界上最廉价的企业家— —最低工资，但有世界上最昂贵的企业制度— —大量亏损。这也体现了企业的薪酬设计问题，即不单是水平问题，主要是结构问题。
2.薪酬设计缺乏统一的指导思想和设计基础，思考是零碎的和片段的
企业在制定薪酬计划时，设计人员不是先考虑薪酬方案要实现什么目的， 指导政策是什么，而常常是一开始就陷入具体的设计中，反复商讨薪酬的单元构成、水平差异等问题，各持不同意见，而没有统一的指导思想和原则。或者照搬理论上的薪酬体系，或参考其他企业的做法，较少考虑企业自身特点、发展目标、经济实力以及市场地位等问题，更谈不上制定薪酬战略或者薪酬战略与企业战略的匹配或整合了。且在大部分企业，不同的人考虑的是不同的薪酬方案。有人想的是薪水，有的是培训，有的考虑的是公司产品折扣优惠，还有的人考虑奖励，而另一些人则可能想的是投资，但没有人考虑到应该以整体方案考虑。另外，有时薪酬设计基础源于员工的抱怨，而这些抱怨内容又各不相同。有的认为应该主要按学历付薪，有的主张资历工资，有的则倾向于业绩奖励，“以结果论英雄”，有的则反映工作过程如考勤、态度、辛劳程度等也很重要，还有诸多意见。那么是通通接受一一满足， 还是有原则性，强调整体性薪酬体系，究竟应该如何处理，是薪酬设计者们必须面对和考虑的问题。
3.薪酬制度系统性低
企业现行薪酬制度，并非一日之功，往往会通过若干或大或小的薪资改革而形成。由于在改革过程中，不同时期往往会制定出不同的薪资制度，这些制度有些是为了解决眼前的问题，有些是对原有制度在新形势下做的局部调整，如基本工资调高、增减福利项目等，而非全盘考虑，这就有可能忽略工资、奖金和福利等各薪酬成分之间的关联性，同时也可能没有考虑企业的发展阶段对薪酬制度的要求，而且可能不同时期设计这些制度的人也不同。因而会导致薪酬制度结构设计不够系统化，可能会造成各种制度强调的导向分散化或都强调一种导向，而不是发挥各项制度的综合作用等等问题。
4.薪酬体系有碍吸收新鲜血液
这一点在国有企业中体现尤为明显，问题主要出在企业老一辈员工的观念上。他们认为企业的今天有他们的功劳，希望得到与在职员工同样的待遇。一个很典型的例子是每次企业加薪，退休老员工也要求获得同等数额的工资增长，结果企业为了稳定，和出于控制人力成本的考虑，只好取消对在职员工的加薪。这样，本来薪资水平就难以吸引外部优秀人才，即使进入企业的人才因为业绩好而获得的加薪机会，也由于老员工的加薪要求而取消，得不到激励，从而产生极大不满，进而离开企业，导致优秀员工的流失。企业如果没有不断吸纳和保留优秀人才并激发其工作热情的能力，企业机体的血液得不到更新，将导致企业处于竞争劣势，甚至无法生存。