企业绩效管理通常存在一些问题，这些问题主要包括：
(1)对绩效管理的认识存在误区
简单的把绩效考核认为就是绩效管理。事实上绩效管理是由绩效计划制定、绩效辅导实施、绩效考核评价、绩效结果反馈组成的一个循环，而绩效考核只是绩效管理的一个环节。
(2)绩效管理与企业战略脱节
企业战略本身缺乏可执行性和可持续性，缺乏由战略到执行的闭环式战略管理流程。企业的经营目标、日常活动未与战略目标紧密衔接。绩效目标的来源往往不是企业战略。其实，无论是业务部门，还是支持部门，随着企业战略的不断调整，其绩效目标也是不断变化的。
(3)企业文化方面的缺陷
很少一些企业文化建设比较成功的以外，大多数企业文化准备不充分，这导致了与绩效管理要求的企业文化准备之间差距非常大在企业的愿景，使命，核心价值及战略定义等，还没有完全清晰解决之前，建立绩效管理系统是无效的。
(4)传统绩效管理流程的弊端
在目标与计划制定阶段，一方面缺乏对关键绩效指标(kpi)的整体优化设计;另一方面缺乏对单个指标的有效性验证。
(5)绩效计划制定缺乏依据，绩效目标制定随意性较大。
绩效考核主管没有及时对下属进行辅导;绩效考核做不到公平公正;绩效考核不能很好的应用绩效考核系统;上下级缺乏互动;绩效考核指标选择不当;绩效考核信息不准确造成考核救过缺乏可信度。
绩效考核应为企业带来带来业绩的提升，创造利润，而不应该成为企业的负担。