绩效管理系统是绩效计划、绩效辅导、绩效考核和结果使用的一个持续循环过程。
1.绩效计划与企业战略脱节
人力资源战略服务于企业战略，作为人力资源管理体系中的一部分，绩效管理就应该以企业战略为准绳，而很多企业只是空喊口号，一边高举企业战略旗帜，一边闭门造绩效计划，导致绩效计划与企业战略各行其道。最典型的案例是企业高管每年初与各个部门签订责任书，到年底的时候，每个部门的绩效目标完成情况都很好，但是整个企业的战略目标却没有达到。
企业的战略目标并没有通过绩效计划层层落实到员工身上。究其原因，还是绩效目标的分解存在问题。对于传达下来的绩效计划，部门在制定绩效标准的时候，有意无意地回避了其中或难以办到或看起来不重要但实质上对企业具有重要意义的绩效目标，从而各部门及各岗位的绩效标准实际上还是从自己的工作内容出发，并不是企业战略目标的逐层分解得到的。
2.绩效管理指标缺乏侧重点
有的企业为了最大限度地发挥绩效考核的作用，恨不得把所有的必要的不必要的工作都纳入绩效考核的范围，从而导致员工的焦虑情绪，进而产生抵触情绪。员工轻则没有精力或不愿意去思考如何改进工作，一味地思考如何少犯错误，保全自己的工资和奖金，重则产生反生产行为。
我们不能指望绩效管理就能解决所有的问题，事实上也不可能解决所有的问题，这点就如同法律一样，它是我们必须要遵守的最基本的行为准则，法律也有约束不到的部分，就由道德来约束。同样的道理，绩效管理应关注于那些关键业绩指标，应当将绩效管理与员工的业绩以及企业的战略目标联系起来，而不是面面俱到。对于实现企业的战略目标没有大碍的员工行为，可以依靠员工手册或倡导组织公民行为来约束。
3.绩效管理模块与人力资源系统其他模块脱节
人力资源系统包括很多模块，与绩效管理模块联系最为紧密的是任职资格、薪酬管理和培训等。绩效管理是建立在任职资格体系的基础之上，绩效管理涉及到员工的职业生涯规划，其结果应用于薪酬管理和培训、晋升等，而它们反过来又影响着绩效管理的成败。因此，有效的绩效管理应该能够与其他模块协同发展，与其他模块有同样重要的作用，而不仅仅是作为一种技术在使用。如果其他模块不尽完善，或者没有与绩效管理有机结合，那么绩效管理就不能引起员工的重视，发挥相应的作用。
4.对绩效辅导的重要性缺乏认识
很多企业并没有认识到绩效辅导的重要性。常见的是，只有在每个考核周期末进行考核的时候，绩效管理才被提上议程，根本谈不上绩效辅导。实际上，绩效管理的核心目的有两个，除了为价值分配做依据之外，还有一个非常重要的就是寻找企业经营的短板所在，并通过适当的调整和绩效辅导进行改进，实现突破。绩效管理是一个帮助员工找出问题所在，并及时帮助员工解决问题，帮助员工成长的过程。部门的管理者应该多与员工沟通最近工作的进展，出现的问题和困难，怎么进行改进等，而不是等到绩效考核之后才来责问员工的不是。及时有效的绩效辅导，不仅对解决问题有帮助，而且还能让员工有一种成就感，也有利于改善部门内的关系。
5.忽视员工的参与
没有员工的参与，绩效辅导就无法展开。但是在部分企业中，员工对于自己的工资是如何计算的都不清楚，因为他们并不了解企业的绩效管理制度，比如绩效考核的指标有哪些，考核是怎么进行的，考核结果是怎么得出的等等。很多企业的评价办法是公开的，但是在具体的评价过程中，主观随意性较大，使得绩效管理对于员工的引导作用并没有体现出来。绩效管理中有一个很重要的环节就是进行绩效的跟踪辅导。考核者应及时了解被考核者工作的进展情况，遇到的问题和障碍，寻求解决的办法。
6.缺乏业务部门主管的重视
目前，依旧有很多业务部门的管理者认为绩效管理只是人力资源部门的 事，不应该成为本部门的工作。一旦进行绩效考核时，他们便会认为这是在浪费时间和精力，或者干脆以自己对下属的印象来打分，而忽视了员工在每个考核周期的 具体表现。对此，各业务部门主管应该认识到，一是人力资源部门不可能看到所有员工的表现，也不可能完全了解各个部门具体的考核指标，人力资源部门只是一个 服务部门，他们工作的开展离不开各个业务部门的支持;二是作为部门主管，负有一项重要任务，就是培养下属。因此，企业在制定绩效考核指标体系的时候，就应 该要求各部门主管共同参与，另外在部门主管的绩效考核指标中，也应该加入员工成长这一指标。
7.缺乏绩效反馈
绩效考核结果的使用不仅仅是作为支付薪酬的手段，更重要的目的是促进员工和企业的发展。绩效反馈主要是通过考核者与被考核者之间就被考核者在考核周期内的绩效情况进行面谈，既要肯定成绩，又要找出工作中的不足并制定绩效改进计划加以改进。绩效反馈的目的是为了让员工了解自己在本绩效周期内的业绩是否达到所定的目标，行为态度是否合格，让管理者和员工双方达成对评估结果一致的看法。有效的绩效反馈对绩效管理起着至关重要的作用。及时准确的反馈是确保考核公正的基础，也是提高绩效的保证，更是增强个人和企业竞争力的保证。举一个销售行业的例子，有的企业将员工的薪酬待遇大部分与财务指标相联系，这样直接导致员工牺牲长期利益而过度关注短期利益。如果没有及时有效的绩效反馈，企业可能在很久之后才会发现这个问题。但是依靠绩效反馈，考核者与被考核者沟通本考核周期内的成绩和不足以及原因，就会及时地发现绩效指标制定中存在的问题，进而及时地建立一套平衡长期和短期利益的综合绩效指标体系，如平衡计分卡，就能在企业遭受重大损失之前及时阻止这种情况恶化。
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