尽管众多的管理者都已经认识到了绩效管理的重要性和它的作用.但是在实际运行过程中，受到管理体系不完善、管理水平落后、员工整体素质偏低等现状的制约，使得绩效管理的效果并不尽人意，员工绩效管理也无法实现企业战略目标的价值。具体来说，企业员工绩效管理存在的问题如下：
1、将绩效考核视为绩效管理
许多人一提绩效管理就必定称绩效考核，必定将其量化，似乎做了量化就是做了绩效考核，做了绩效考核就是做了绩效管理。实际上，两者既不能混淆，也不能等同。绩效管理是一个完整的系统，是一个持续不断的交流过程.而动态、持续的绩效沟通是绩效管理体系的灵魂与核心.它包括四个阶段：绩效计划制定、绩效实施与管理、绩效考核与分析、绩效反馈与回报。 绩效考核是绩效管理工作中的一个重要环节，主要是根据绩效考核标准对上一阶段收集到的数据进行考核分析.目的是通过考核促进绩效的提高。而绩效管理涉及的不只是员工个人绩效问题，还包括对组织绩效的计划、考核、分析与改进。另外，绩效管理侧重于信息沟通和绩效的提高，而绩效考核则侧重于判断和评估。
2、绩效考核体系不科学
绩效考核体系设计的不科学性主要体现在考核目的不明确，考核方和被考核方都没有充分清楚的了解绩效考核只是一种管理手段，其本身并不是管理的目的，而实际中只是为了考核而考核，忽略了原本达成企业战略目标的目的。另外一个方面，考核内容、项目设定等方面表现出无相关性，随意性突出，一般是以考核官的主观个人的意志和好恶来作为考核的内容，缺乏科学性，同时也缺乏严肃性，随意改动，难以保证政策上的连续一致性;考核的标准也不清晰，缺乏基准等，就导致了考核的不全面、不客观公正，很难使得被考核者信服。
3、轻视和忽略绩效辅导沟通的作用
绩效管理强调管理者和员工的互动，强调管理者和员工形成利益共同体，因此管理者和员工会为绩效计划的实现而共同努力。绩效辅导是指绩效计划执行者的直接上级及其他相关人员为帮助执行者完成绩效计划，通过沟通、交流或提供机会，给执行者以指示、指导、培训、支持、监督、纠偏、鼓励等帮助的行为。绩效辅导沟通的必要性在于：第一、管理者需要掌握员工工作进展状况，提高员工的工作绩效;第二、员工需要管理者对工作进行评价和辅导支持;第三、必要时对绩效计划进行调整。
4、缺乏监督机制
在绩效管理过程中.基本上是管理者从上而下的对员工进行考核评估，这样就导致了一个问题的产生，那就是没有人去考核管理者，而且员工只有处于被评估的地位上。再加之企业领导层对具体的评估过程过问很少，这样就使得绩效考核的管理者的权力得不到监督和约束，使得在考核的过程中受到自己的个人喜好和主观的因素对员工进行评估.最终造成了绩效考核没有一个统一的考核的基准，同时也丧失了公平性。