冰山式薪酬制度存在的合理性在民营企业发展的初期可能发挥过积极的作用，但是随着企业的进一步发展以及管理的逐步规范，这种薪酬制度对企业人力资源管理的制约作用、对企业发展的消极影响也逐步显现出来。
首先，冰山式薪酬制度不利于建立起一种具有真正激励效果的薪酬体系。年终红包的分配决定于老板，这也意味着管理人员的考核由老板一个人来完成，至于老板运用怎样的指标来考核员工也只有老板一个人说了算，这就无形之中形成了考核指标的主观化、模糊化和泛化，使考核指标失去激励效应。红包发放的秘密化也使员工很难去比较自己的付出／获得与他人付出／获得之间的关系，这也使薪酬与业绩挂钩的信号变得模糊，在这个意义上，员工的公平感也就自然无从谈及。
其次，冰山式薪酬制度不利于营造一个和谐(续致信网上一页内容)的组织气氛。在冰山式薪酬制度下，由于红包发放的秘密化操作，易使部分员工通过各种渠道打听了解其他员工的红包数额，而从非正式渠道获得的信息又常是不完整甚至是错误的，这更容易引起员工之间的相互猜疑。和谐组织气氛的一个重要标志是员工之间的相互信任与相互沟通，当秘密化发放维持的表面平和一旦被破坏，其引发的冲突将更为激烈，从而将严重破坏积极、友爱、沟通的氛围，不利于增强组织的凝聚力，不利于组织的发展。
第三，冰山式薪酬制度不利于吸引外来人才。随着企业规模的扩大、任务的变化、环境的转移，依靠企业原有的老员工已不可能实现企业的发展目标。引进外来人才，特别是高级经营管理人才就显得十分重要。但是由于冰山式薪酬制度只能向外来员工支付较低的固定月薪，同时由于民营企业自身固有的薪酬支付信用机制不高，保障机制的相对不完善，使很多高层次人才特别是来自外企有着丰富实践管理经验的高级管理人才望而却步。
第四，冰山式薪酬制度不利于提高整体管理水平。强调员工的参与、鼓励授权、提高承诺是当今企业管理所追求的目标。员工的参与不仅可以大大提高员工的工作积极性和主动性，而且也可以通过员工的反馈来帮助管理层及时了解发现并解决管理中存在的某些问题。而在冰山式薪酬制度下，由于人力资源管理中最重要的薪酬环节中员工参与程度为零，要在其它管理领域鼓励员工参与将变得十分困难，这将使企业难以依靠自身的人力资源有效地面对不断变化的竞争环境。