一、我国绿色国民经济核算中存在的问题
（一）对绿色国民经济核算的认识不到位
虽然绿色国民经济得到了广泛的赞同和认可，但是仍然有一部分专家、学者没有正确认识和理解绿色国民经济核算，贯彻落实不够到位。由于绿色国民经济核算要求把环境保护纳入到核算体系中，而以往大部分领导和官员只关注经济增长，还没有树立正确的资源环境价值观，在思想上和实际工作中重视程度不够。由于绿色GDP力求将经济增长与环境保护统一起来，综合性地反映国民的经济活动的成果与代价，一旦实施绿色GDP，必将带来干部考核体系的重大变革。过去各地区干部的政绩观，皆以单纯的GDP增长为业绩衡量标准，现在要将经济增长与社会发展、环境保护放在一起综合考评，这会使很多干部想不通，从而形成诸多阻力。除此之外，由于绿色国民经济的范围比较广，核算涉及到的资源环境比较复杂，但是在目前的核算过程中，只是对急需解决的环境问题进行核算，还有许多方面的内容被忽视。
（二）绿色国民经济核算的技术不完善
当前实行绿色GDP核算存在许多重大技术难题，其中主要体现在环境成本的计量上。环境成本是在经济发展的过程中，为治理环境污染、资源破坏等消耗的资本总和，由于环境污染、生态破坏以及经济发展是不同步的，所以在计算环境成本时会遇到许多的困难，很难明确造成环境污染、生态破坏的因素。
（三）绿色国民经济核算缺乏必要的理论指导
尽管有关绿色国民经济核算理论研究已经有20多年的历史，积累了丰富的经验和成果，但从整体上看，绿色国民经济核算理论还有待于进一步完善。而且不同国家、地区的核算制度、规范等也有所区别，很难找到一个具有权威性的理论体系，在进行绿色国民经济核算的工作时，核算不全面，结果不真实的现象就会时有发生，对于明确国家经济发展状况，了解环境问题产生了很大的阻碍。