统计建模分析高通量生物数据及其应用提纲

统计建模分析高通量生物数据及其应用提纲

    论文摘要: 随着现代生物学的发展,从生物分子层面上研究生物问题对发现生命现象的本质尤其是理（略）原理的重要作用已经得到了广泛认同.高通量试验技术包括生物芯片[78;115;135],酵母菌双层杂交试验[5（略）,质谱分析[40;54],染色质免疫沉淀反应[59;109]等等.在这些高通量试验技术快速发展的驱动下,同时获得人类或其他模型生物的数以千计的分子及这些分子之间交互作用的数据成为可能.如此大量的数据信息为我们重新理解细胞生物和疾病提供了宝贵的机会.与此同时,高通量数据的特点是:预测变量的维数远（略）数;数据结构非常复杂;数据噪声很大;观测值缺失或不确定等等.在这种情况下（略）统计方法不能得到正确的预测结果,或者得到的预测结果效用有限.因此,我们面临的重大挑战就是设计新的统计模型来高效的获取,分析,解释这些数据中包含信息. 在这篇论文中,我们主要从如下几个方面出发建立统计模型分析生物数据: 1（略）机图模型预测生物网络中的功能模块. 生物功能的很多方面可以用生物网络建模,例如蛋白质交互网络,新陈代谢网络和基因共表达网络.研究这些网络的统计特征可以帮助我们...
     With the fast development of moder（omitted）it is generally accepted that the research on the molecule level is of great importance to find the essence of biological phenomena,and speci（omitted）derstand the pathogenes（omitted）n disease.Spurred on the advances of high-throughput data colle（omitted）niques,such as microarrays [78;115;135],yeast two-hybrid assays[58;130],mass spectrometry[40;54],（omitted）immunoprecipitation[59;109],data on thousands of molecules and their interactions in humans and mo...
目录:Chinese Abstract 第7-9页
English Abstract 第9-11页
第1章 引言 第12-21页
　　·生物背景 第12-13页
　　·生物分子网络和其中功能一致子网络的辨识 第13-16页
　　·蛋白质功能域与疾病之间的相关关系 第16-19页
　　·不同方法在连锁不平衡的情况下预测功能位点的表现 第19-21页
第2章 利用dK模型预测生物网络中功能一致子网络的有效性和缺陷 第21-51页
　　·数据和方法 第21-26页
　　　　·数据 第21页
　　　　·dK模型参数估计 第21-23页
　　　　·检验dK模型预测网络交互的能力 第23页
　　　　·dK模型下网络样本的随机模拟 第23-24页
　　　　·验证模型辨识功能一直子网络的能力 第24-25页
　　　　·功能一致性预测的评估 第25页
　　　　·利用模拟退火寻找高值函数模块 第25-26页
　　·结果和讨论 第26-32页
　　　　·dK模型预测网络交互的表现 第26页
　　　　·dK模型随机网络的统计特征与真实网络相应特征的比较 第26-28页
　　　　·dK模型分辨功能一致模块的表现 第28-32页
　　·结论 第32-33页
　　·附录 第33-51页
　　　　·补充图 第33-47页
　　　　·补充表 第47-51页
第3章 利用蛋白质功能域交互网络对蛋白质功能域与复杂疾病的关联关系排序 第51-61页
　　·数据和方法 第51-54页
　　　　·数据 第51-52页
　　　　·Guilt by proximity 第52-53页
　　　　·评价准则 第53-54页
　　·结果 第54-59页
　　　　·方法的表现 第54-56页
　　　　·蛋白质功能域交互网络偏差的影响 第56-58页
　　　　·蛋白质功能域与疾病关联关系的预测 第58-59页
　　·Conclusion 第59-61页
第4章 借助随机模拟比较几种方法处理基因关联分析中连锁不平衡性的表现 第61-69页
　　·Methods 第61-62页
　　　　·单位点分析 第61页
　　　　·逐步回归 第61页
　　　　·岭回归 第61-62页
　　　　·Boosting 第62页
　　　　·LASSO 第62页
　　　　·方法的评估 第62页
　　·结果 第62-66页
　　　　·个位点有强连锁性 第62-64页
　　　　·和1000个位点之间有退化的连锁不平衡性 第64-66页
　　·结论 第66-69页
Bibliography 第69-85页
作者简介 第85-86页
致谢 第86-88页
学位论文评阅及答辩情况表 第88页

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