与此同时，我国较高的存款准备金率的负面效应已有所显现。一方面，随着互联网金融等新兴金融业态的发展，越来越多的金融业务脱离存款准备金政策管理的范畴。较高的存款准备金率无疑加剧了行业间的不公平竞争，因此为规避存款准备金政策的监管，部分存款类金融机构大力发展同业业务、理财产品等金融产品，导致影子银行一度爆发式增长，增加金融体系风险。另一方面，过高的存款准备金率一定程度上限制了银行资产结构调整的灵活性，使得资金在债市和贷款市场之间难以自由流动，抑制了利率政策向银行贷款利率的有效传导。纪敏等的实证研究表明，存款准备金约束阻碍了利率政策向银行贷款利率传导，存款准备金越高，利率政策向银行贷款利率的传导效果就越差;马骏等的模拟分析也表明，在降息背景下，相较于法定存款准备金率为10%的体制，法定存款准备金率为20%的体制下的政策利率传导效率会平均损失8%左右。
存准政策改革的方向
对于存款准备金政策的改革思路，纪敏等指出：我国存款准备金政策将由外汇对冲工具转为国际收支基本平衡下的正常化工具，并随着货币政策逐步转向价格型调控向宏观审慎工具过渡。所以，未来存款准备金政策的作用将主要体现在以下几个方面。
一是为价格型调控提供稳定的货币环境。
顺应国际收支格局的变化以及国内金融改革创新，我国的存款准备金政策将逐步回归常态，而这也将有利于货币政策向价格型调控转型。发达经济体的经验表明，价格型调控框架下存款准备金政策会逐步弱化，其作用主要体现为以可预见的法定准备金来维护货币市场稳定，同时配合其他政策工具引导市场利率。
二是加强存款准备金宏观审慎管理。
与传统的数量管制不同，宏观审慎管理政策主要通过限制借款人和贷款人的借贷行为，防范系统性金融风险。次贷危机以后，为完善宏观审慎管理制度框架，防范系统性金融风险，中央银行进一步优化了存款准备金制度，提出了差别准备金率动态调整机制，将货币信贷和流动性管理的总量调节与宏观审慎政策相结合，以此引导和激励金融机构保持稳健经营和调整信贷投放。实践证明，相关政策在遏制银行业金融机构无序放贷冲动，控制流动性总量和激励金融机构提高资本水平，以及改善资产质量、增强风险防范能力等方面发挥了积极作用。
三是加强跨境资本流动的无息准备金管理。
危机以来，为有效应对跨境资本流动，部分新兴市场国家加大了资本流动的宏观审慎管理力度，其中无息准备金制度就是一项重要的政策工具。随着我国资本项目可兑换程度的提高，为进一步规范我国外汇市场发展，在借鉴韩国、智利等外汇宏观审慎管理经验的基础上，针对金融机构代客远期结售汇存在的问题，中央银行推出了无息准备金制度。虽然该制度实施范围有限，但却为管理资本流动提供了新方向。未来可以加强无息准备金管理在中国跨境资本流动管理的可行性研究，实现 “有管理的资本项目可兑换”。
四是发挥存款准备金制度的政策导向作用。
随着存款准备金政策的不断创新与完善，其政策导向功能也日益明显。2004年以来，针对部分金融机构资本充足率和资产质量下降等问题，中央银行借鉴风险状况区别对待的国际经验，制定了差别存款准备金率制度。而且，还通过县域新增存款用于当地、“三农”事业部考核等方式，发挥存款准备金正向激励和激励相容的调控理念。2014年以来，中央银行进一步加大存款准备金政策的导向性作用，多次定向下调县域金融机构和小微、涉农贷款占比较高的非县域金融机构的存款准备金率，加大对相关薄弱环节的政策支持力度。