日本的学年度为每年4月1日至次年3月31日。第一学期4月1日至9月30日，第二学期10月1日至次年3月31日。假日为周末休息日和法定节假日，以及5月1日大阪大学建校日。每年有春假、暑假、寒假。春假一般是4月初休假，假期10天左右。暑假常为8月初到9月底，寒假一般是12月底到1月初，假期同为10天左右。
本科学制一般为4年，医学科、牙科医学以及药学科需要6年，所有的新生和大二学生都要在丰中校园接受共同的科目教育;在大学院学习2年，完成博士前期课程，可以取得硕士学位;再学习3年，完成博士后期课程，可以取得博士学位。医学研究所(医科学专业除外)、牙医学研究所在读完本科6年的基础上，再攻读4年，可以直接取得博士学位。生命机能研究所为5年一贯制课程，完成学业直接取得博士学位。高等司法研究院为专门职大学院，标准学习时间3年，完成学业取得法务博士学位。