厦门大学医学院于1996年10月11日经国家教育部批准正式成立，是一所由厦门市人民政府和厦门大学联办、并得到海外华人、华侨资助的学院。她位于风光旖旎、环境秀丽，气候宜人的“海上花园”厦门市东南海湾。现任院长为教育部“长江学者”特聘教授刘祖国博士，党委书记为邵鹏飞同志。
医学院秉承“自强不息，止于至善”的校训，以培养“厚基础、强能力、高水平”的综合性人才为办学目的，依托厦门大学学科门类齐全、师资力量雄厚的优势办学。现有教职工400余人，硕博士生导师200余人、教授、副教授100余人，专任教师中博士学位占68.5%，实验技术队伍中博士学位占4.5%。
学院拥有厦门大学附属中山医院、厦门大学附属厦门眼科中心、厦门大学附属东南医院、厦门大学附属东方医院、厦门大学附属第一医院、厦门大学附属成功医院等6家三级甲等医院、20余家教学医院与实习基地。
学院下设基础医学部、临床医学系、中医学系、眼视光系、护理系、福建省眼科与视觉科学重点实验室、福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室、福建省抗癌研究中心、福建省基础医学实验教学示范中心、福建省药学实验教学示范中心、海峡(厦门)中医药科技平台、厦门市手性药物重点实验室、厦门大学眼科研究所、厦门大学消化疾病研究所、厦门大学器官移植研究所、中医药研究中心、卫生经济与政策研究中心、中心实验室、实验动物中心和厦门大学医学院——加州心脏核磁共振临床教学与培训基地等41个教学科研机构。
学院现有本科专业3个(临床医学、中医学、护理学)、一级学科硕士点3个(临床医学、基础医学、中医学)、博士点1个(生理学)和国家人事部博士后科研工作站3个，在校生近4000余人，其中硕、博士研究生500余人、本科生近1500人、留学生近200人、在籍海外函授生2200余人。
近年来，获得国家“863计划”、“973计划”课题及省部级重大科研项目60余项;科研成果获奖总数294项，其中国家科技进步二等奖2项、省部级各类科研奖项109项、中华医学二等奖1项，发表SCI收录论文400余篇;2010年获得国家自然科学基金30项(位列全校第2位)。
目前，医学院占地面积3645亩的医学及生命科学新校区正在紧锣密鼓的建设之中，新校区硬件建设的完善，将为医学教育的发展插上有力的双翅，激励着医学院按照厦门大学的办学要求，昂首阔步朝着“世界知名的高水平研究型大学”的目标奋进。