生物医学研究院是厦门大学直属研究机构，作为集基础研究、创新、转化为一体的平台，研究院强调原始性创新，在发表高水平文章，促成有知识产权成果的转化和开发的同时，着力培养一批生物医学研究、生物制药企业管理人才和创业人才;铺设生命科学、医学和化学等相关学科交流合作的平台，发挥国内外学术交流、科技合作的窗口作用。
生物医学研究院的主要发起创办人包括来自美国加利福尼亚州生物硅谷圣地亚哥研究所(Burnham Institute)的三名教授：张晓坤博士、许华曦博士和冯根生博士。圣地亚哥与波士顿、旧金山湾、华盛顿和北卡研究三角园等共同组成美国5大生物产业基地，是全美大学和研究所中获得美国联邦科研费用最多的研究机构之一。同时，新加坡分子与细胞生物学研究院教授、常务副院长，国际知名分子与细胞生物学家洪万进博士，以及美国病毒、肿瘤制药公司生物研发部主管郑立谋博士均是研究院的主要发起创办人。研究院下设6个研究中心：癌症研究中心、细胞生物学及传染性疾病研究中心、代谢性疾病研究中心、神经退行性疾病及衰老研究中心、转化医学研究中心和天然产物化学研究中心。