厦门大学国际关系学院成立于2006年12月，它是在南洋研究院基础上组建而成。南洋研究院(前身南洋研究所)创办于1956年，是我国最早设立的东南亚研究机构，也是我国最早设立的国际问题研究机构之一。1996年，由研究所升格为研究院。随后，南洋研究院成为国家“211工程”建设子项目的机构。2000年9月，在此基础上组建的厦门大学东南亚研究中心被教育部批准为人文社会科学重点研究基地。2004年11月，研究院入选国家“985工程” 哲学社会科学创新基地。
目前，国际关系学院/南洋研究院下设国际关系系、外交与侨务系、亚太国际关系研究所、东南亚经济研究所、中外关系史与华侨华人研究所、《南洋问题研究》和《南洋资料译丛》编辑部、图书馆、办公室。现有国际政治和外交学本科专业，世界经济、国际关系、专门史硕士点，政治学理论、世界经济、专门史博士点，拥有1个国家“211工程”建设子项目、1个国家“985工程”哲学社会科学创新基地、1个教育部人文社会科学重点研究基地、1个省级重点学科。2005年4月成立的马来西亚研究所，是与马来西亚首相阿都拉·巴达维提议建立的马来亚大学中国研究所相对应的研究机构。2008年5月成立了苏氏东南亚研究中心，它由新加坡国立大学资深教授苏瑞福捐资兴办。
学院/研究院现有在职人员43人，其中专任教学教师30人。现有在职教师(不包括返聘教师)中具有博士学位的教师30人，占教师比重的100%;教授8人，其中博士生导师6人，副教授13人，副教授以上职务的教师占教师比重的70%;45岁以下青年教师17人，占教师比重的56.67%;教师中留学回国人员人数16人，占教师比重的 53.33%。现任院长庄国土教授，党总支书记范丽，副院长王勤教授、聂德宁教授、林梅副教授，党总支副书记黄俊清。
“十一五”期间(2006-2010年)，学院/研究院教师作为第一负责人承担的各类科研项目35项，其中省部级以上项目32项，国际(境外)合作项目3项;共出版学术专著或译著(第一作者署名)36部，发表学术论文(第一作者署名)373篇，其中在CSSCI期刊发表的学术论文205篇;获得省部级以上社会科学优秀成果和优秀教学成果奖9项，为外交部、中联部、商务部、国侨办等提供了一系列决策咨询报告，并获得采纳。至2011年9月，在校本科生157人，研究生151人，其中硕士生95人，博士生56人(含海外留学生17人，国际硕士36人)。
近年来，学院/研究院积极实施国际化战略，不断扩大对外学术交流。每年接待数十批国际学者来访，其中包括国际上从事国际问题和东南亚研究的著名学者;每年均举办大型的国际学术会议，举办数十场国外学者讲座;每年教师和科研人员均在东南亚当地进行1个月以上的实地调研和研究工作，每年在国外发表的学术论文达10余篇。
学院/研究院拥有先进的科研与教学设施，在东南亚资料信息收集方面居于国内领先地位。学院/研究院拥有独立的图书馆，馆藏图书5.3万册，其中外文书籍2万余册;现有报刊1160种，其中外文报刊880种。《南洋问题研究》(创刊于1974年)和《南洋资料译丛》(创刊于 1957年)是研究院向国内外公开出版的学术刊物，《南洋问题研究》为中文社会科学引文(CSSCI)选用期刊。同时，学院/研究院已建成东南亚教学实验室和多媒体教室，设立东南亚研究中英文学术网站(https://nanyang.xmu.edu.cn)和东南亚研究数据库。
近年来，学院/研究院坚持以基础研究为主，注重应用研究，加强学科建设和队伍建设，提高研究生教育的水平，参与政府部门决策咨询，加快资料信息系统建设，逐步形成了多学科和综合性的东南亚研究与教学体系，成为国内的东南亚基础研究、人才培养、决策咨询和资料信息中心。进入21世纪，学院/研究院继续以国家发展目标与重大需求为指导，瞄准国际上东南亚研究的前沿，保持和增强东南亚研究的学科特色和优势，不断提升东南亚研究的综合实力和国际竞争力，努力将学院/研究院建设成国内一流和国际知名的学术机构。