上海中医药大学社会科学部现设有部主任与教学行政办公室、文化素质教学中心和五个教研室，分别是哲学教研室、中国近现代史论教研室、法律教研室、公共事业管理教研室、医学伦理学教研室。
社会科学部师资队伍职称结构现已形成梯队，70%的教师达到硕士以上学历。目前主要承担了学校思想政治理论课、与医相关的人文课程以及其他社会科学课程的教学工作。现向全校开设了近50门课程，涵盖本（专）科生、硕士研究生和博士研究生，并设有医学伦理学硕士点。近年来，社科部还开设了公共事业管理（卫生事业管理方向）专业，（属四年制本科，学生毕业获管理学学士学位），经教委批准已于2005年秋招生。
社会科学部教师除认真完成各项教学任务外，还积极参与对全校师生员工进行党的路线、方针、政策的宣讲任务，举办各类讲座，指导大学生社团活动、组织筹划学校艺术演出活动等。多年来，社会科学部坚持理论教学改革，配合教学需要每年组织学生进行社会考察，形成了理论教学与社会实践相结合的特色。