物流工程学院由机械工程系、工业工程系、电气自动化系和机械工程设计研究所、电力传动与控制研究所、港口集装箱技术发展研究所组成。物流工程学院现拥有1个博士后流动站，1个博士点，8个硕士点，7个本科专业，可向海外招收留学生。港口机械电子工程、港航电力传动与控制工程、物流管理与工程学科是上海市重点学科。物流工程专业、机械设计制造及其自动化专业属上海市高校教育高地重点建设项目，机械设计制造及其自动化专业是国家级特色专业。
物流工程学院坚持学科建设以港航企业的技术创新为出发点，人才培养以港航企业的发展需要为目标的方针。学院具有雄厚的师资力量及教学科研能力，拥有正教授23名，其中上海市名师2名，全国优秀教师1名，上海市劳动模范1名。学院与上海国际港务集团、振华重工、上海汽车集团、施耐德电气中国有限公司等许多著名企业有长期的产学研合作关系，与美国、新加坡、荷兰、日本、加拿大学、韩国等国外和香港著名高校有教学协作关系。
物流工程学院以物流工程为特色，加强机电合一，以培养应用、复合型技术人才为目标，注重教学质量，毕业生受到用人单位的欢迎，毕业生就业率连年保持在96%以上。
机械类（大类招生）（机械类 理工 四年）
机械类包括机械设计制造及其自动化、机械电子工程（港口机械）两个专业。以港口物流机械为特色，培养具有良好的道德修养、敬业精神、扎实的机械和相关学科专业知识及其应用能力，受企业欢迎的机械工程技术人才。
机械类学生第一年不分专业，第二年以先满足优秀生志愿为原则分配专业，机械高等制造及其自动化专业主要面向装备制造业，机械电子工程主要面向大型港口的机械装备维护。
主要共同课程：机械制图、计算机辅助制图、理论力学、材料力学、机械原理、机械设计、电工技术、电子技术、C语言。
机械设计制造及其自动化
培养具有机械设计制造及自动化基础知识与应用能力，能从事物流装备的设计制造、科技开发、安装调试、应用研究、运行管理等方面的工程技术人才。本专业学生学习机械设计、制造、自动控制方面的基础理论、基本技术和有关物流装备的设计制造方法，受到现代机械工程师的基本训练，到三年级分为两个专业方向：物流装备和先进制造技术。
主要课程：基础课程有机械工程材料、机械控制工程基础、机械制造基础、微机原理及应用、CAD/CAM、测试技术等。专业课以物流装备的设计、先进制造技术为主。通过专业课的学习，加深对技术基础课的理解，掌握基本的专业知识，并了解其发展趋势。
就业方向：学生毕业后主要面向机械装备备制造企业从事装备设计开发、制造、设备的规划选型与调试安装和生产组织等工作。
机械电子工程（港口机械）
机械电子工程专业是综合机械、电子、控制技术为一体的工程技术专业。培养具有现代港口机械系统设计、控制基础知识与应用能力，能在机电控制领域内从事设计与技术开发、应用研究、运行管理等方面工作的、具有创新精神的复合型工程技术人才。本专业建立了以机械设计、电工技术、控制技术、计算机应用技术及相应实践环节和综合应用为主体的综合课程体系，充分体现了机械、电子、控制、计算机等多学科知识相互融合，基础理论与工程应用密切结合的现代技术教育特征。
主要课程：控制工程基础、微机原理及应用、传感器与检测技术、机电传动控制、可编程控制器、机电一体化导论、机电控制系统等。
就业方向：学生毕业后就业主要面向大型港口，从事港口机械装备的设计开发、运行管理等技术工作。
工业工程（管理科学与工程类 理工 四年）
本专业培养具备现代化工业工程和系统管理等方面知识、素质和能力，实现工程技术与企业管理有机结合，能在工商企业从事生产、经营、服务等管理系统的规划、设计、评价和创新工作的专门人才。
主要课程：工程制图、工程力学、机械设计基础、机械制造基础、先进制造技术、人机工程学、企业管理、技术经济学、设施规划与物流分析、运筹学、生产系统计划与控制、质量管理与可靠性、管理信息系统等。
就业方向：学生毕业后可在工商企业从事经营系统、生产系统的规划、设计、评价、创新和决策咨询工作。
物流工程（交通运输类 理工 四年）
本专业培养从事现代物流技术应用开发、策划，物流系统设计、管理、营运，物流企业的管理、规划、生产、经营和销售、计算机网络物流信息传输技术及物流信息系统开发维护，具有跨越工学、管理学两类学科的复合型专门技术人才。使学生具备一定的现代物流系统设计和现代物流技术应用开发能力，又了解一定的现代物流管理理论与方法，系统掌握物流系统工程集成技术并具有一定综合运用能力。
主要课程：工程力学、电工技术、电子技术、机械设计基础、运筹学、管理学、物流学、人机工程、计算机网络与通信、物流管理信息系统、设施规划与设计、物流中心规划与运作、生产计划与控制、物流机械设备、物流系统仿真。
就业方向：学生毕业后主要从事工商企业、交通运输行业和物流相关部门的社会物流、生产物流和绿色物流方面的工程策划、仓储、配送、装卸等工程技术设计、装备选型与开发应用、管理和营运等工作。
电气工程及其自动化（电气信息类 理工 四年）
本专业培养能够从事与电气工程有关的系统运行、自动控制、电力电子技术、信息处理、试验分析、研制开发、工程管理以及电子与计算机技术应用等领域工作的宽口径复合型工程技术人才。
主要课程：电路原理、电机学、电子技术基础、自动控制原理、计算机控制系统、微机原理与接口技术、电力电子技术、控制仪表、电力拖动控制系统、供配电系统、网络与通信等。
就业方向：学生毕业后，主要从事大型港航企业、海洋工程、造船企业、港机制造企业以及现代化船舶的电气工程与自动化方面的运行管理、维修改造和开发研究工作,并能适应港口和工厂电气工程及自动化方面的管理工作。
自动化（电气信息类 理工 四年）
本专业培养能够在运动控制、过程控制、电力电子技术、检测与自动化仪表、电子与计算机技术、信息处理、管理与决策等领域从事系统分析、系统设计、系统运行、科技开发及研究等方面工作的工程技术人才。
主要课程：电路原理、电子技术、微机原理及接口、计算机软件技术基础、电机与电力拖动基础、电力电子技术、自动控制理论、信号分析与处理、控制仪表、控制系统仿真、计算机网络与通信、过程控制、计算机控制系统、集散控制系统、船舶控制系统、PCL原理及应用等。
就业方向：学生毕业后，主要从事现代企业生产和管理的自动控制、计算机系统集成技术、船舶自动化技术、交通运输自动控制系统等方面的设计、管理维护工作。
测控技术与仪器（仪器仪表类 理工 四年）
本专业培养具有自动化仪表与装置的设计、制造以及测量与控制方面的基础知识和应用能力，掌握测量与控制领域内（特别是涉及港航和船舶系统）的有关技术，具有仪器与系统的设计、开发、应用研究、运行管理等方面能力的工程技术人才。
主要课程：电路原理、电子技术、自动控制原理、微机原理及接口、信号与系统、检测技术与传感器、测控电路、误差理论与数据处理、测量总线与虚拟仪器、光电检测、控制系统仿真与CAD、PLC原理与控制、过程检测与监控系统、仪器仪表电子技术等。
就业方向：学生毕业后，主要从事航运和物流工程领域中的信息处理、测控、智能仪表和机电一体化等方面的设计、开发、应用研究与运行管理工作。
中荷机电工程学院
经教育部2006年批准，上海海事大学与荷兰泽兰德大学（Hogeschool Zeeland）合作举办机械电子工程专业和电气工程与智能控制专业两个本科教育项目。中荷机电工程学院，承办这两个中荷合作本科专业项目。
荷兰泽兰德大学是荷兰公立的应用科学大学，以工科和商科专业见长，设24个学士学位专业和4个硕士学位专业，在荷兰乃至整个欧洲有良好的声誉。
中荷合作的这两个本科专业由上海海事大学和泽兰德大学共同制定教学计划，两校的教师授课，基本采用国外教材，最后一年可到泽兰德大学学习。
学生完成教学计划后除可获得上海海事大学的毕业证书和中华人民共和国学士学位证书外，还可获得泽兰德大学的课程证书，毕业后可到欧洲继续深造或到欧洲企业就业。
机械电子工程（机械类 理工 四年）
机械电子工程专业是综合机械、电子、控制技术为一体的工程技术专业。培养具有现代机电产品和系统设计、控制基础知识与应用能力，能在机电控制领域内从事设计与技术开发、应用研究，在企业负责设备运行管理和维护等方面工作的、具有创新精神和良好的英语沟通能力的复合型工程技术人才。
主要课程：电路与电子技术、机械设计基础、工程材料与检测技术、机械制造技术、控制工程基础、微机原理及应用、传感器与检测技术、机电传动控制、可编程控制器、机电一体化导论、机电控制系统、设备管理信息系统等。
就业方向：学生毕业后可到各类企业特别是外企、政府有关管理部门从事机电产品和系统的设计开发、运行管理、商务贸易等工作。
电气工程与智能控制（电气信息类 理工 四年）
本专业培养能够在工业企业运动控制、过程控制、供电技术、检测与自动化仪表、信息处理等领域从事系统分析、系统设计、系统运行维护、科技开发等方面工作的具有创新精神和良好的英语沟通能力的复合型工程技术人才。
主要课程：电路与电子技术、机械设计基础、微机原理及接口、电机与拖动基础、自动控制理论、传感器与检测技术、设备信息管理系统、智能化控制系统、液压与气动等。
就业方向：学生毕业后，主要从事现代企业特别是外企的生产和管理的自动控制、电气设备的系统控制和运行维护等方面的工作。