一、培养目标
为医药行业培养从事药品的研究与开发、生产制造、工程设计、质量管理等能参与国际竞争的应用型、复合型高层次工程技术与管理人才。了解制药工程领域的理论前沿，掌握相应的基础理论、专业知识及解决问题的方法和手段，培养创新意识和对药品新资源、新产品、新工艺进行研究、开发和设计的能力等。
二、研究方向
药物新剂型;
微生物来源新药研究;
多肽药物的基因工程和蛋白质工程;
基因工程的关键技术研究;
药物传输系统;
中药/天然药物研发。
三、培养方式与学习期限
1、在职制药工程硕士生采取进校不离岗，以业余学习为主的方式，课程学习实行学分制，但要求在校学习的时间累计不少于6个月。
2、学位论文由校内具有制药工程实践经验的导师与制药企业或工程部门的业务水平高、责任心强的具有高级职称的人员联合指导。
3、学习年限为3-5年。
四、课程设置及学分要求
制药工程硕士专业学位的课程针对制药工程的特点和医药相关企业需求设置。教学内容具有宽广性和综合性，反映当代制药工程领域工程科学技术发展前沿。攻读制药工程硕士专业学位的研究生，应获得的总学分不少于32学分，其中学位课不少于60%。
五、学位授予
达到了制药工程硕士专业学位培养目标和基本要求，课程考试合格，通过学位论文答辩，根据《南京大学硕士、博士学位授予工作细则》，经南京大学学位评定委员会审定，可授予工程硕士学位。