南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京，更名为南京医学院。1962年，被列为全国首批六年制医药院校。1981年，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位。1993年，更名为南京医科大学。学校是江苏省属重点建设高校。
学校设有21个学院(部)和1个独立学院——康达学院。在江苏、上海、浙江、山东等地拥有23所附属医院和50多所教学医院。学校现有在职教职工1600多人，其中学校编制专任教师784人。有教授169人、副教授 229人，有博士生导师422人、硕士生导师1746人(含附属医院)。学校现有中国工程院院士1名，美国国家医学院外籍院士1名，“长江学者”特聘教授3名，国家杰出青年科学基金获得者7人，国家级教学名师1人，入选“教育部新世纪优秀人才支持计划”7人，“江苏特聘教授”16人，“国家级教学团队”3个，教育部“创新团队”1个。学校是江苏省高层次人才培养计划——“333工程”培训基地。教育人才工作多次获得江苏省教育厅表彰。
学校现有一级学科博士学位授权点8个(基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、特种医学、护理学、人文医学)、二级学科博士学位授权点50个;一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点73个;博士后科研流动站7个，学位授权点已覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学等7个学科门类;拥有3个国家重点学科、1个国家重点培育学科、2个江苏省一级学科国家重点学科培育建设点、3个江苏省一级学科重点学科。基础医学、公共卫生与预防医学、临床医学、口腔医学是江苏省高校优势学科。
学校设有19个本科专业、2个六年制双学位专业和5个七年制专业(方向)。目前，在校生总数为1.3万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。
学校现有1个国家重点实验室、4个部级重点实验室、15个省级重点实验室(工程中心)。“十二五”以来，学校的科研水平不断跃升，承担了多项国家“863”、“973”项目，获得国家自然科学基金项目不断实现新突破，发表的SCI论文数量及论文影响因子迅猛增长。2014年，我校获得239项国家自然科学基金项目，再创历史新高。连续四次被评为“江苏省科技工作先进高校”。
南京医科大学第一临床医学院2010级五年制临床医学专业今年的硕士研究生录取率创新高。全年级350人，通过学校推荐免试攻读研究生的57人，通过全国考试攻读研究生的185人，总录取率为69.1%，其中升学率最高的班级达82.4%。即将进入研究生学习阶段的学生中，有55人被外校录取，占专业总人数的15.7%，去向包括北京大学医学部、北京协和医学院、复旦大学、上海交通大学、浙江大学。