2005年初，中国地质大学(武汉)的一批专家基于目前国家能源勘查的紧迫形势，适时地提出了建立“煤及煤层气工程专业”的设想。该建议迅速地得到了教育部的高度重视，经过周密论证该专业于2005年获教育部批准，2006年3月10日正式公布，编号为080108S。从此，中国地质大学(武汉)成为国内第一个承办该专业的高等院校。
新专业建设得到了学校各级领导、职能部门及兄弟院系的大力支持。2007年3月，学校批准在资源学院成立煤及煤层气工程系，简称“煤工系”。煤工系主要负责和组织承办煤及煤层气工程专业。本专业旨在培养学生，在牢固掌握自然基础科学知识的基础上，系统学习煤及煤层气资源勘查和开发工程的基础理论和基本知识，掌握与煤及煤层气地质学研究及资源勘查和综合评价有关的基本技能与方法。本专业将在煤及煤层气地质基础、煤层气勘探与开发工程、煤综合利用与环境保护、煤层瓦斯治理与煤矿安全等方面有所侧重。同时，煤工系还招收矿产普查与勘探、能源地质工程等学科方向的硕士和博士研究生。
煤及煤层气工程专业是一个具有悠久历史的新专业，它是具有几十年雄厚知识积淀的前煤田地质学专业的延续与再生。几十年来，中国地质大学培养的煤田地质人才质量在国内首屈一指。虽然在20世纪90年代煤田地质专业被取消并调整归属于资源类大专业，但是却保留了无价的办学经验和工作作风。出身于煤田地质专业的新一代中青年教师，在经历了改革开放尤其是通过在相关领域的艰苦磨练，如今的知识面得到大大拓宽，为新专业的承建带来了无限的活力和境界。目前，新专业与学科建设真正体现了“内联外合”的办学思想，在从事本专业教学的在编和兼职师资队伍中，有教授 14人，博士生导师10人，楚天学者1名，副教授3人，讲师4人，平均年龄42岁。高级职称占85%，具有工学硕士学位和工学博士学位的教师占90%。
目前，煤及煤层气工程系正在执行两项源于教育部立项的学科与专业建设大型项目。2007年12 月，中国地质大学(武汉)煤及煤层气工程专业被教育部批准为第一批高等学校特色专业建设点。2007年7月，煤及煤层气工程新专业教学实验室建设专项修购计划获得教育部批准，该项目支持下的“煤质实验室”、“煤岩实验室”、“煤系实验室”、“煤储层实验室”、“煤层气成藏实验室”和“煤层气工程工艺实验室”已经开始了合理的规划和承建。同时，煤及煤层气工程专业积极联合社会力量，共同谋划和筹建教学实习基地。2006年4月10日，与“晋城无烟煤矿业集团有限责任公司”签署了联合共建煤层气开发工程产学研基地的协议，建成了新专业的第一个产学研基地。
煤及煤层气工程系多年来在煤地质、煤层气地质、煤储层和含煤岩系伴生矿产等领域涌现出一批高质量的科研成果。主持了包括国家自然科学基金、国家科技攻关、“973”课题和专题、“863”项目等国家级项目20余项，其它级别的科研课题50余项，2007年科研经费到位800余万元。在国内外学术期刊上公开发表学术论文100余篇，近20篇被SCI、EI和ISTP三大检索收录;获省、部、局级奖项10余项。这些科研成果的获得为煤及煤层气地质与工程事业做出了积极贡献，并极大地促进了学科的快速发展。
煤及煤层气工程系的发展离不开学校、学院、兄弟院系以及各职能部门的大力支持，我们将以新的姿态创造新的奇迹，充分发挥在专业特色优势，力争建成国内一流的煤及煤层气优秀人才培养和科学研究的基地，为我国的煤及煤层气地质与工程事业做出新的贡献。