2000年起我校开始培养与生态地质相关的硕士研究生。指导老师和研究生主要分散在地球科学学院、资源学院、工程学院等院系中。为适应我国生态保护与建设和社会、经济协调发展的形势，深入研究与生态地质环境相关的科学问题，推动地球系统科学学科群的建设和高层次人才的培养工作，我校于2004年起设置生态地质学专业硕士学位授予点，2005年将正式招收硕士研究生，从而成为国内首家，也是世界上极少数设置该学科专业的组织之一。
经过几年的探, 索，我校在农业生态地球化学、水资源开发与生态环境保护、植被地下生存环境结构分析等方面已取得了显著进展，培养了一批基础扎实，掌握先进技术且具有创新精神的硕士学位获得者，在生态地质学专业人才培养上取得了宝贵的经验，基础设施建设也取得了长足发展。
本学科汇集了我校地球科学学院、环境学院等院系的一批经验丰富的教员，形成了一支教学与科研能力扎实的师资队伍，其中有中国科学院院士三人、教授、副教授各十多人。现承担国家自然基金、省部级科研项目等二十多项，已公开发表相关学术论文百余篇。
本学科专业以地球系统科学为指导，以岩石圈、水圈、大气圈、智能圈和生物圈的相互作用为研究对象，研究领域涉及生态地质学基础理论、生态地质学的应用(包括生态地质环境的评价、规划、保护等)、特殊景观的生态地质学研究和生态地质学新技术方法研究等四大方面。
主要实验室：表生带地质过程与环境修复实验室;水、土、生实验室(含土壤化学实验室);环境工程微生物实验室;数值模拟与GIS应用实验室;非饱和水流与溶质运移实验室;水化学与水环境化学实验室。
毕业生就业方向：大专院校、科研院所、各系统(部门)的勘察设计院。