古籍研究所成立于1981年，是由原国家教委批准成立的全国第一个古籍整理研究机构。该所以整理研究中国古代(尤其是元代)文献为主要发展方向。 1988年，该所的《国内所藏元人文集版本目录》被批准列入全国高校古籍整理研究工作委员会“七五”资助项目。1990年，该所的《全元文》被批准列入古委会“八五”重点资助项目，两年后，该项目又被列入国家《中国古籍整理出版十年规划》和国家“八五”重点项目。目前，《全元文》编纂工作已经基本完成。该所是全国培养古籍整理研究人材的基地之一。目前，具有中国古典文献学和中国历史文献学两个博士点。
自1985年以来，古籍所共培养了中国古典文献学、历史文献学硕士生31人，培养访问学者、单科进修教师、助教进修班学员等共57人;同时还举办了中医药古籍整理研修班、短期中国传统文化讲习班等，共培养学员百余人。建所以来，共承担省部级科研项目项。该所研究人员发表论文一百余篇，专著及教材 20余种。该所编撰的《文史英华》共十五册获北京市科研二等奖。该所还出版了《元史全译》、《元曲辞典》、《元杂剧史》、《元散曲选译》等著作，并出版《元代文史论考》专刊三期。其它著作还有：《中国文献学史》、《古籍整理与传统文化》、《古本戏曲提要》等。目前，该所已逐步形成元代文献与文化研究的基地。古籍所现任所长为韩格平教授。