绩效考核关系着医院管理者及医务人员的切身利益，公立医院绩效改革也是医改中业界关注的焦点。尤其是在医院内部，绩效奖金分配公平与否，备受医生关注。
9月16日，在2014清华长庚医疗改革发展论坛上，上海交通大学附属瑞金医院原院长朱正纲呼吁，国家应制定统一的公立医院绩效考核体系，使不同归属的医院得以公平竞争，进而使同一地区同一水平的医生，不因在不同医院执业，而获得不同的待遇及发展机会。
随着医改的逐步推进，我国医院的绩效考核体系不断变化。北京市医院管理局副局长吕一平介绍说，在坚持体现公立医院公益性的前提下，要以绩效考评为有力助手，促使公立医院从规模扩张转化为质量收益，弱化总服务量，突出服务效率。
朱正纲对此表示认同，他说，根据过去的考核体系，科室赚的钱越多，职工分配就越高。而以当前上海和北京的考核指标为例，没有一个指标直接与经济指标挂钩，强调的是服务的质量和内涵，并强化了收治病种、手术类型、平均费用、药占比等反映医院管理水平的考核指标。
不过，朱正纲对公立医院绩效考评现状也表示担心。他指出，在考核体系中，住院平均费用是卫生行政部门对市属医院考核指标之一。但同一层次同一地区的军队系统医院不存在这样的考核，军队医院的收费标准自由度和收益分配权相对较高。长此以往，有可能使不同管理体制下的医院差距越来越大。因此，他呼吁国家层面对公立医院考核设立统一标准，以确保公平性。
公平性不仅是医院院长关心的内容，医务人员同样充满期待。根据北京市医管局2013年的一项公立医院职工满意度调查，在医院内部的绩效考核中，绩效奖金分配方式和公开公正透明性成为医务人员最不满意的内容之一。