2明确水资源利用分区
对水资源利用分区的原则之一是尽可能保持与以往相关成果的连续性和一致性。这次将珠江流域片第一次水资源分区时的广东的“粤西沿海诸河区”与广西的“桂南沿海诸河区”合并为“粤西桂南沿海诸河”二级区；把原广东省的“粤东沿海诸河区”和“韩江流域区”合并为“韩江及粤东诸河”二级区；把原来的“红柳黔江区”(指红水河和柳江汇合后流入西江主干的称之黔江河段)、“郁浔江区”(指郁江流至桂平汇人黔江后改称为浔江河段)以及桂江贺江等二级区调整为红柳江区、郁江区和西江区。可见这次水资源利用分区对江河水量传递互补，区域的供需水量余缺的调剂，将会带来不少有待解决的问题。
另以往在水资源供需平衡时，各省(区)及其省(区)内区域之间，有着“以需定供”还是“以供定需”的争议。广东认为需求水量大，有实力可多建设水工程拟实施“以需定供”，贵州、云南经济发展滞后，只能“以供定需”进行水量平衡。以往的需水量测算，对节约用水多停留在口头上，节水措施很不得力，也未考虑废污水处理和再生利用。对水工程的现状的供水能力，多采用已运行20～30年的水工程设计效益指标，同时珠江流域片内不少地区的供水设施是以引、提水为主，其供水保证率低，欠缺调蓄能力，容易把供水量估计偏多。据2000年对珠江流域片中小型病险水库：广东、广西、云南、贵州、海南省(区)三类病险库分别占在运行的中小型水库的55％、49％、39％、47％和36％。由于工程体制改革，水库经营要自负盈亏且转向集体或个人承包，把水库原来的开发目标转向水电、供水等。因此，这次在水资源供需平衡时，必须要对现有水工程的开发目标、供水能力及其工程的安全度进行评估核定。
3落实编制珠江三角洲中长期供水规划
珠江三角洲水资源二级区，是由西、北、东三江聚汇后的网河区，水资源的量与质常受台风、暴潮、咸水、赤潮、污水及枯水期淡水紧张等的困扰而陷入水质性缺水。这里的土地面积仅占珠江流域片的4．8％，却占珠江流域片总人口的20．6％，城市化率高达77．5％。在广东全省的21个地级市中，珠江三角洲占有7个，它集中了全省78％的经济总量和85％的财入。因此，生活、生产、生态用水的量与质需求，无疑对当地国民经济发展是个重大的压力，尽管一些区镇一年的水利建设投入可以亿元计，但地势低洼难修筑大中型水库来调蓄水量，原有联围筑闸的功能受目前城镇扩大，路桥急增及河道挖沙等影响未能重新综合规划调整，滩涂围垦造地占用了海岸亲水带，房地产开发商在岸堤边抢建码头仓库，带来河道流态变形、会潮点上移及废污水激增。以往珠江三角洲内的洪潮区和潮洪区，枯水期仍可利用堤围水闸水泵兼施进行潮灌潮排“偷淡”冲污，现在连东深供水工程，也因东江枯水期水量紧缺及水污染而要把取水口上移，并修建了大型污水处理厂及对河(渠)全程进行全封闭输水。近两年珠江委等虽曾成功地利用西江上中游梯级水库下泄水量，沿西江主干道，向西、北江三角洲的沿海地区压咸补淡，但这不是长久之计。应该在这次规划中抓紧落实编制出珠江三角洲区水资源中长期供水规划，以节水先行，环保跟上去，落实需水量，在考虑修建供水设施时除首推已完成项目建议书的思贤活水利枢纽尽快上马兴建外，还可参考东深供水系统的思路，利用中顺大围顶部不受咸(枯)水困扰的东海水道已建的凫洲水闸经补强加固，引提西江水沿凫洲河(渠)南下至该围内东西向连通磨刀门水道与横门水道的石歧河构通，形成庞大的河渠水网调蓄水量，并进一步查勘线路修建渠(管)泵闸向长江水库补水及连通中珠围内的凤凰山、大镜山等水库，联合向中山、珠海、澳门等地供水。也可考虑像深圳市那样购置中型水库作为枯水期的应急供水专用水库，把众多原为灌溉的中、小型水库转变为乡镇供水水库。并要积极勘测规划修建海岸带的港湾水库或建设海水淡化厂。